Histoire naturelle du microbiome intestinal du nourrisson et effet d’un traitement antibiotique sur la diversité et la stabilité des souches bactériennes.

Histoire naturelle du microbiome intestinal du nourrisson et effet d’un traitement antibiotique sur la diversité et la stabilité des souches bactériennes.

Commentaire de l’article original de Yassour et al. (Science Translational Medicine 2016).

La communauté microbienne intestinale est dynamique au cours des trois premières années de vie, avant de se stabiliser dans un état similaire à celui retrouvé chez l’adulte. Cependant, peu de données sont disponibles concernant l’impact des facteurs environnementaux sur le développement du microbiome intestinal humain. Les auteurs de cet article rapportent une étude longitudinale du microbiome intestinal basée sur l’analyse des séquences d’ADN d’échantillons de selles recueillis mensuellement et sur les informations cliniques provenant de 39 enfants, la moitié d’entre eux environ ayant reçu plusieurs traitements antibiotiques au cours de leurs trois premières années de vie. Alors que le microbiome intestinal de la plupart des enfants nés par voie basse était  dominé par les espèces du genre Bacteroides, celui des 4 enfants nés par césarienne et d’environ 20 % des enfants nés par voie basse ne contenait pas de Bacteroides dans les 6 à 18 premiers mois suivant leur naissance. Un échantillonnage longitudinal, couplé à un séquençage de masse du génome entier, a permis de détecter une variation des souches ainsi qu’une abondance des gènes de résistance aux antibiotiques.

Le microbiote des enfants traités par antibiothérapie était moins diversifié en termes d’espèces et de souches bactériennes, certaines espèces étant souvent dominées par une seule souche. De plus, M. Yassour et al. ont observé des modifications de la composition à court terme entre les échantillons consécutifs provenant des enfants traités par antibiothérapie. Les gènes de résistance aux antibiotiques portés sur les chromosomes microbiens présentaient un pic d’abondance après le traitement antibiotique suivi d’une forte diminution, alors que certains gènes portés sur des éléments mobiles persistaient plus longtemps après l’arrêt de l’antibiothérapie. Leurs résultats soulignent l’intérêt de mener des études basées sur un échantillonnage longitudinal de haute densité avec établissement du profil des souches de haute résolution pour étudier le développement et la réponse à une perturbation du microbiome intestinal du nourrisson.

Article commenté tiré de la lettre d’information Biocodex de Juin 2017, Microbiota, page 10.

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